內設機構為5個，分別為：綜合部、第一研究部、第二研究部、宣傳教育部、聯絡指導和科研管理部。

? 綜合部：主要負責全院機關日常工作的綜合協調和管理服務。負責機關綜合調研、文秘、信息、辦文、機要、保密、督查等工作；負責院務會議服務，承擔目標管理、績效考核、法規建設、建議（提案）辦理、審讀審稿辦理等工作；負責機關財務及資產管理，承擔國有資產、政府采購、合同管理、出版物管理等工作；負責綜合治理、應急管理、安全保衛、國家安全、車輛管理、勞動用工管理、重要會議、公務接待及其他行政后勤保障工作；承擔黨史資料信息中心工作，負責機關圖書、報刊、雜志的征訂保管和閱覽交流事務；承擔機關檔案管理工作；負責離退休老干部管理及服務工作；承擔院務會交辦的其他工作任務。

? 第一研究部：主要負責改革開放新時期和黨的十八大以來的黨史研究。記載和研究湖南貫徹習近平新時代中國特色社會主義思想歷史進程；研究闡釋馬克思列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論、"三個代表"重要思想和科學發展觀；研究這一時期中共湖南歷史，征集編纂黨史著作和文獻資料；研究編寫這一時期中共湖南歷史著作和大事記；研究這一時期涉及中共湖南歷史的重要人物的思想業績、精神風范；承擔這一時期涉及中共湖南歷史的重大事件、重要人物的紀念活動工作；審核這一時期涉及中共湖南歷史的基本著作、重要文稿、資料等；承擔院務會交辦的其他工作任務。

? 第二研究部：主要負責新民主主義革命時期、社會主義革命和建設時期的黨史研究。研究這一時期中共湖南歷史，征集編纂黨史著作和文獻資料；研究編寫這一時期中共湖南歷史著作和大事記；研究闡述馬克思列寧主義、毛澤東思想以及毛澤東同志為代表的湘籍老一輩革命家的思想業績、精神風范；承擔這一時期涉及中共湖南歷史的重大事件、重要人物紀念活動工作；審核這一時期涉及中共湖南歷史的基本著作、重要文稿、資料等；統籌湖湘紅色基因文庫編纂工作事務；承擔院務會交辦的其他工作任務。

? 宣傳教育部：主要負責黨的歷史、黨的文獻的宣傳普及教育。組織開展面向社會公眾的黨史知識普及宣傳工作；組織專題性黨史宣傳教育活動，組織在新聞媒體宣傳中共湖南歷史；建設和管理黨史宣傳陣地，研判意識形態領域與黨史有關的動態和問題，及時處置應對黨史輿情，反擊歷史虛無主義；負責革命遺址保護利用工作，承擔全省黨史教育基地評授管理；承擔黨史及文獻展覽的布展和審核，負責組織黨史題材文藝作品審讀及新建紀念場館立項和內容審核等；負責黨史對外宣傳，講好中國共產黨領袖故事、中國共產黨湖南歷史故事；承擔院務會交辦的其他工作任務。

? 聯絡指導和科研管理部：主要負責指導全省黨史聯絡工作，統籌黨史學會、研究會（中心）及黨史學術交流活動。負責全省黨史聯絡工作的組織、協調和指導，承擔省黨史聯絡組的日常服務工作；負責重要人物回憶錄的征集整理及出版工作，收集、整理重要口述歷史資料；負責全省黨史干部業務培訓工作；統籌協調指導湖南省中共黨史學會、湖南省中共黨史人物研究會、湖南省毛澤東思想研究會的日常工作及湖南省毛澤東思想研究中心的相關工作；負責全院科研工作規劃、協調和管理事務；承擔院務會交辦的其他工作任務。

? 機關黨委（人事）和機關紀委：負責院機關黨建、組織人事、紀檢監察和群團等方面的工作。承擔機關黨的建設和日常黨務工作，負責院務會中心組學習的組織服務和保障，負責院機關黨員干部政治理論學習及普法教育；負責機關干部選拔任用、監督、調配、考核、檔案、工資福利、人才選拔培養、衛生健康、職稱、外事等工作事務；負責機關精神文明創建和工青婦、關工委工作；負責機關紀檢監察工作；承擔院務會交辦的其他工作任務。